Der 1. FC Union besaß bereits ab 1969 eine eigene Frauenfußballmannschaft und war damit (u. a. mit der BSG Empor Dresden-Mitte, BSG Chemie Leipzig, BSG Motor Mitte Karl-Marx-Stadt, BSG Post Rostock, BSG Motor Halle, der BSG Turbine Potsdam (die Frauenfußballsektion entstand 1971 innerhalb der BSG) einer der Vorreiter in der DDR.
Da Frauenfußball keine olympische Sportart war und damit auch kein internationales Renommee zu erwarten war, verfügte der DDR-Fußballverband (DFV) anfang der 1970er Jahre, dass der Frauenfußball dem Volkssport-Bereich angliedert wird und der Spielbetrieb nicht über den Bezirksbereich hinausgehen darf.
Da der 1. FC Union Berlin als Leistungsklub keinen Breitensport unterhalten durfte, schlossen sich Unions Frauen als eigenständige Volkssportgemeinschaft dem nahegelegenen VEB Kabelwerk Oberspree an (ab 1975 dann innerhalb der BSG KWO Berlin) und spielten dort auf Berliner Ebene bzw. nahmen nach deren Einführung an der Bestenermittlung der DDR teil.
Nach der Auflösung der BSG KWO Berlin schlossen sich die Fußballerinnen 1990 wieder als Frauenabteilung dem 1. FC Union an und spielten seither, neben 4 Spielzeiten 2. Bundesliga (zuletzt 2017), zumeist in der Regionalliga Nordost. Eine Rückkehr in Liga 2 scheiterte bisher entweder am Verpassen der Meisterschaft oder an Niederlagen in den Aufstiegsspielen.
Ab 2022 begann der 1. FC Union seine Frauenabteilung noch professioneller aufzustellen. Dazu gehörten erhebliche Baumaßnahmen in der Infrastruktur, Ausweitung des Staffs sowie der Abteilungsstruktur, mit der ehemaligen Nationalspielerin Jennifer Zietz eine neue sportliche Abteilungsleiterin und seit 2023 auch die Einführung von Vollprofitum, damit die Spielerinnen ihren Lebensunterhalt mit Fußball bestreiten können.
Nach der Hinrunde 2023/24 führt der 1. FC Union die Tabelle in der RL Nordost recht souverän an, wobei die Tabellenplätze Zwei und Drei noch je ein Spiel nachholen müssen.
Platz / Verein / Spiele / Tore / Punkte
1. 1. FC Union Berlin 11 68:3 33
2. FC Viktoria Berlin 10 39:3 24
3. FC Carl Zeiss Jena II 10 23:12 22
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