nochmal die Frage: bis zu welcher Ebene der jeweiligen Ersten soll die eigene Liga der Zweiten gehen und wie sollen die Ausgliederungen und Eingliederungen bei Aufstiegen und Abstiegen ablaufen 
[Reformen] Eigene Liga für Zweitvertretungen ? – pro und contra
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In der 3. Liga würde ich sie erstmal lassen. Auf 4. Ebene könnte man zu 3 Regionalligen und einer U23-Liga kommen. Siehe RE: [Reformen] Sammelthread Ligareformen (inkl. DFB-Taskforce)
Darüber hinaus könnten der Meister der U23-Liga und die beste U23 der 3. Liga das Finale um die deutsche U23-Meisterschaft austragen.
In der 3. Liga und der U23-Liga sollte das Alter strikt auf 23 Jahre beschränkt sein (ggf. vielleicht noch nach Stichtag, wie in der Jugend). Keine Ausnahme mit 3 Spielern, die älter sein dürfen. Außerdem sollte bei Zweitvertretungen in der 3. Liga der Wechsel zwischen erster und zweiter Mannschaft stärker eingeschränkt werden.
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die Zweitvertretungen sollten als U21 geführt werden müssen
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Oder vielleicht U21 mit bis zu 3 U23 Spielern.
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... oder 3 Ü32 Spieler.